《超次元学院1》构建了一个充满奇幻色彩的校园世界。故事围绕着一群性格各异的学生展开，他们进入超次元学院后，发现这里与普通学校大不相同。学院里存在着各种超能力和神秘现象。主角林羽原本是个平凡少年，进入学院后意外觉醒了特殊能力。在学院中，他结识了热情开朗的好友陈阳和冷静聪慧的苏瑶。他们一起面对学院里的各种挑战，比如神秘的怪物突然出现在校园，扰乱正常秩序。在一次次冒险中，他们不断成长，逐渐揭开学院背后隐藏的巨大秘密，而这个秘密似乎与整个超次元世界的命运息息相关。