少年特工科迪在第一部完成任务后，又迎来了新的挑战，由此展开《少年特工科迪2》的故事。科迪此次要和姐姐格瑞丝一同前往一个神秘的小岛。这座岛上有一个邪恶组织，他们妄图利用高科技手段控制世界。科迪和姐姐伪装身份混入其中，在岛上，他们发现邪恶组织正在秘密研发一种能操控人类大脑的装置。科迪凭借自己的智慧和特工技能，一次次化解危机，比如破解复杂的密码锁、躲避红外线陷阱等。然而，他们的行动被敌人察觉，陷入了绝境。但科迪没有放弃，他联合岛上被囚禁的科学家，最终摧毁了邪恶装置，挫败了敌人的阴谋，成功拯救世界。