高中生侦探工藤新一收到服部平次的邀请前往京都。在那里，他们遇到了一个与新撰组相关的案件。一位扮演新撰组队员的演员在表演过程中突然死亡，现场呈现出诡异的状态。工藤新一和平次立刻展开调查，他们发现死者与一个神秘的新撰组爱好者团体有关。随着调查深入，更多的线索浮出水面，嫌疑人也逐渐增多，包括死者的同行演员、团体中的成员等。新一和平次不放过任何一个细节，在京都的大街小巷穿梭寻找证据。他们在古老的建筑中发现了关键线索，最终推理出凶手巧妙的作案手法和动机，成功揪出真凶，解开了这起京都新撰组杀人事件的谜团。