《昭和64年》分为上下两部，故事背景设定在昭和64年，当时日本即将从昭和时代过渡到平成时代。警察三上义信曾负责一起少女绑架案，案件因绑匪打来一通电话后便没了下文而陷入僵局，成为悬案。随着媒体解禁期临近，这桩旧案引发各方关注。三上义信被调到地方警务部公关室，在那里他遭遇诸多难题，既要应对媒体的追问，又要处理内部的权力斗争。此时，新的少女绑架案发生，两起案件似乎有着千丝万缕的联系。三上义信不顾上级阻挠，执着于追查真相，在调查过程中逐渐揭开了隐藏在案件背后的复杂阴谋和人性的善恶，展现出在时代变革下，正义与黑暗的激烈交锋。