《大江户妖怪物语》以江户时代为背景，构建了一个人妖共存的奇幻世界。故事围绕着少年源一展开，源一拥有能看见妖怪的特殊能力，这一能力让他在人类社会中饱受误解与孤立。一次偶然的机会，源一结识了善良的狐妖阿璃，阿璃为了报答源一的救命之恩，决定与他同行，帮助他解开自身能力的秘密。 在旅途中，他们遭遇了各种形态各异、性格不同的妖怪。有的妖怪心怀恶意，妄图夺取源一的特殊能力；有的妖怪则心地善良，为他们提供帮助和指引。源一和阿璃在与妖怪们的一次次交锋中，逐渐成长，也揭开了一个关于江户时代妖怪世界的惊天阴谋。他们能否凭借彼此的力量，打破阴谋，守护人妖两界的和平，成为故事的一大看点。