在东京、神奈川、静冈、长野等地接连发生了六起连环杀人案，受害者身边都留下了麻将牌七筒和奇怪划痕。柯南在调查中发现，这可能与黑衣组织有关。此时，柯南意外得知黑衣组织成员爱尔兰潜入警视厅，从警视厅的案件资料中寻找组织卧底。爱尔兰凭借记忆比对，发现柯南就是工藤新一。与此同时，黑衣组织老大下达指令，让爱尔兰拿到组织卧底名单后杀掉所有人。柯南既要阻止爱尔兰获取名单，又要躲避黑衣组织的追杀。在最后的对决中，柯南驾驶直升机与黑衣组织展开激烈交锋，最终成功摧毁组织的直升机，化解危机，保护了大家。