《卿卿知我意》讲述了药物研发员沈兮兮与外科医生顾西洲之间的爱情故事。沈兮兮因童年阴影对亲密接触有障碍，顾西洲则是医术精湛但内心背负着母亲离世伤痛的医生。两人在一场意外中结识，沈兮兮误将顾西洲认成自己的相亲对象。之后，在工作和生活的不断交集里，他们逐渐对彼此产生好感。然而，顾西洲前女友的出现、沈兮兮工作上的难题以及双方家庭的压力等，都给他们的感情带来了重重考验。但他们始终坚守初心，相互治愈，最终携手克服困难，收获了美好的爱情。