《哥特萝莉侦探事件簿》以 20 世纪初欧洲某虚构小国为背景，主角久城一弥是来自日本的留学生，因黑色头发和眼睛被称为“黑色死神”。他在圣玛格丽特学园图书馆塔的顶层，结识了哥特萝莉少女维多利加。维多利加拥有天才头脑，常通过推理解决各种疑难案件。 久城一弥在学园里不断遭遇离奇事件，每次都求助于维多利加。他们一起破解了诸如杀人玩偶、幽灵船等神秘案件。在相处中，两人感情逐渐加深。然而，国家陷入战争，久城被征兵上战场，维多利加也因身世卷入危险。最终，久城历经艰难回到维多利加身边，两人在动荡世界中坚守着彼此的羁绊。