《攻壳机动队：SAC_2045》的故事设定在近未来，人类可以将身体的大部分替换为义体，科技发展带来便利的同时也引发了诸多问题。公安九课在草薙素子和巴特的带领下，负责处理各类与义体犯罪相关的棘手案件。在一次调查中，他们发现了一个企图颠覆现有社会秩序的神秘组织，该组织利用先进的网络技术操控人们的义体，制造混乱。随着调查深入，九课成员逐渐揭开背后隐藏的巨大阴谋，涉及到政府高层、跨国企业等多方势力。在这个过程中，草薙素子对人类的存在、灵魂与义体的关系有了更深的思考，团队也在一次次危险任务中面临生死考验，他们能否阻止阴谋的发生，守护社会的和平与稳定，成为故事的一大看点。