《精灵宝可梦XY Z》接续《精灵宝可梦XY》剧情，小智带着皮卡丘等宝可梦来到卡洛斯地区，继续追逐宝可梦大师的梦想。在卡洛斯联盟大赛中，小智虽遗憾落败，但他并未气馁，而是带着新的信念重新出发。旅途中，他结识了新伙伴莎娜、提耶鲁诺等，一同经历各种冒险。他们遭遇了企图利用宝可梦达成邪恶目的的闪焰队，闪焰队妄图唤醒传说中的宝可梦哲尔尼亚斯和伊裴尔塔尔来实现自己的野心。小智一行人挺身而出，与闪焰队展开多次激烈交锋。在战斗过程中，宝可梦们不断成长，进化出更强大的形态，小智也和宝可梦们的羁绊愈发深厚。最终，他们成功阻止闪焰队的阴谋，守护了卡洛斯地区的和平。