《人鱼公主三千岁》围绕着拥有三千岁高龄的人鱼公主展开。人鱼公主本生活在神秘的海底世界，因一场意外来到了人类社会。在人类世界，她对一切都充满了好奇与懵懂。她结识了善良的人类男孩阿明，阿明得知她的身份后决定帮助她适应人类生活。然而，他们的相处引来了坏人的觊觎，坏人妄图抓住人鱼公主，利用她的特殊能力谋取私利。人鱼公主和阿明一边躲避坏人的追捕，一边在相处中产生了深厚的感情。在一次次的冒险与危机中，人鱼公主逐渐学会了如何在人类世界生存，也明白了爱的真谛，最终他们成功挫败了坏人的阴谋，而人鱼公主也在人类世界找到了属于自己的温暖与归宿。