《深夜的超自然公务员》围绕着在政府超自然现象对策室工作的公务员们展开。主人公们白天过着普通上班族的生活，到了深夜则要面对各种超自然事件。有会作祟的幽灵，它们在古老的建筑中徘徊，发出诡异的声响，干扰着城市的宁静。还有神秘的妖怪，它们拥有奇特的能力，时而隐藏身形，时而引发奇怪的灾难。 在应对这些超自然现象的过程中，公务员们各展所长。有人擅长使用神秘的符咒来封印幽灵，有人则凭借强大的灵力感知妖怪的踪迹。他们在一次次的冒险中，不仅要解决超自然事件带来的危机，还要处理彼此之间的人际关系。随着故事的推进，他们逐渐揭开了超自然现象背后隐藏的巨大阴谋，而他们的命运也与这个阴谋紧紧相连。