《脑髓地狱》讲述了主角“我”在九州帝国大学附属医院的精神病栋中苏醒，却完全想不起自己是谁、发生了什么。一位名叫若林镜太郎的医学博士告知“我”，我可能是一起离奇杀人案件的嫌疑人，案件涉及到一个古老家族的精神遗传问题。若林博士还拿出了一系列资料，包括一份名为《疯人地狱邪道祭文》的文件和一位少女的日记等。随着“我”对这些资料的深入探究，逐渐陷入了一个充满幻觉、梦境与现实交织的世界。在这个过程中，又出现了正木敬之教授，他也参与到对“我”的研究中。“我”在不断探寻真相的过程中，精神世界愈发混乱，分不清到底什么是真实，什么是虚幻，整个故事充满了诡异、悬疑的氛围，不断挑战着观众的认知和心理承受能力。