《奇葩朵朵》围绕着天才少年黄剑和“神棍少女”朱珠展开。黄剑凭借超高智商被麻省理工提前录取，却因意外被取消资格，只能进入南方大学。在那里，他结识了古灵精怪的朱珠。朱珠为了完成爷爷的遗愿，一心想进入学校的奇葩社。两人在奇葩社的招新活动中产生交集，之后又一同参与了学校组织的科技发明比赛。比赛过程中状况百出，他们不仅要应对来自其他队伍的竞争，还要处理彼此之间的矛盾和误会。但在共同努力下，他们逐渐理解和信任对方，最终凭借独特的发明赢得了比赛，也收获了珍贵的友情和爱情。