《次世代机动警察：首都决战》的故事围绕着特车二课展开。在东京，新型警用机器人Labour广泛应用，但也带来了一系列问题。此时，神秘组织“反Labour恐怖集团”开始行动，他们劫持Labour制造混乱，企图引发社会动荡。特车二课的泉野明、后藤喜一等人临危受命，投入到这场保卫首都的战斗中。他们不仅要面对恐怖分子的疯狂攻击，还要应对内部的矛盾和误解。在激烈的战斗中，特车二课凭借着坚定的信念和出色的战斗技巧，一次次化解危机。最终，他们成功挫败了恐怖集团的阴谋，守护了东京的和平与安宁，展现出了警察的责任与担当。