《GATE奇幻自卫队》故事始于东京突然出现的一道神秘大门“GATE”，从中涌出了大量奇幻生物与古代士兵。日本自卫队迅速行动，派遣部队前往调查并应对这一突发状况。男主角伊丹耀司是自卫队的一员，他在执行任务过程中展现出勇敢与智慧。在异世界，自卫队与当地的人们产生了诸多交集，伊丹耀司救助了精灵蒂亚等一群人，和他们建立起深厚的情谊。同时，自卫队也面临着异世界各方势力的挑战，既有与邪恶势力的战斗，也有和其他国家在异世界利益上的博弈。随着故事推进，伊丹耀司等人在两个世界之间不断穿梭，努力维护和平，在这个过程中，不同文化相互碰撞，也发生了许多有趣又感人的故事。