《魔法禁书目录 剧场版 恩底弥翁的奇迹》围绕上条当麻和茵蒂克丝展开。学园都市迎来了盛大的「大霸星祭」，世界各地的学生都汇聚于此参加这场超大型竞技祭典。然而，在热闹的氛围背后，神秘的魔法组织「格雷姆林」蠢蠢欲动。他们企图利用「恩底弥翁」计划，引发足以毁灭世界的灾难。上条当麻在偶然间救下了一名少女奥雷欧斯·伊萨德，却因此被卷入了这场阴谋之中。他与茵蒂克丝、御坂美琴等伙伴们一起，凭借着各自的能力和智慧，在学园都市中与「格雷姆林」的魔法师们展开了一场惊心动魄的战斗。他们不仅要面对强大的魔法攻击，还要解开「恩底弥翁」计划的谜团，阻止灾难的发生。在这个过程中，上条当麻始终坚守着自己的正义，用他那能够消除一切超能力和魔法的右手，一次次化解危机，最终成功守护了学园都市和整个世界。