《暗杀教室：修学旅行篇》围绕椚丘中学 3 年 E 班的学生们展开。这群学生身负特殊任务，要在一年内暗杀号称能毁灭地球的章鱼老师。此次修学旅行，本是轻松的出游活动，却因神秘组织的介入变得危机四伏。神秘组织派出强大杀手，企图在旅行途中对章鱼老师下手。学生们为保护章鱼老师，同时也为了完成自己的暗杀任务，与杀手们展开了激烈交锋。他们运用在暗杀课程中学到的技能，巧妙应对各种危险。在这个过程中，学生们不仅展现出了勇气和智慧，彼此间的情谊也更加深厚，也对暗杀的意义有了新的感悟。