《命运冠位指定：序章》将观众带入了一个神秘奇幻的世界。故事围绕着藤丸立香、玛修·基列莱特等主角展开。迦勒底是一个对抗人理毁灭的组织，然而却遭遇了前所未有的危机。突然出现的神秘灾害“人理烧却”，让人类历史岌岌可危。藤丸立香和玛修所在的迦勒底面临着巨大的挑战，他们发现自己身处一场关乎人类存亡的战斗之中。在这个过程中，他们结识了众多英灵，这些英灵拥有强大的力量和独特的性格。主角们与英灵们携手，一同探寻“人理烧却”背后的真相，在充满危险与未知的旅途中不断战斗、成长，为了守护人类的未来而努力拼搏。