《穹顶之下第三季》延续前作，切斯特磨坊镇依旧被神秘的穹顶困在其中。芭比和茱莉亚继续为拯救小镇而努力，然而镇内局势愈发复杂。新出现的神秘力量让穹顶内的人们面临更多未知危险，有人为了生存不择手段，镇民之间的矛盾不断升级。同时，穹顶外的世界也在试图寻找破解穹顶的方法，但进展缓慢。随着剧情推进，穹顶内隐藏的秘密逐渐浮出水面，原来这一切背后有着惊人的阴谋。芭比等人在一次次危机中不断成长，他们团结部分镇民，与邪恶势力展开了激烈对抗，最终能否打破穹顶，让小镇重归自由，成为本季最大的悬念。