《DNA²》围绕高中生结城英二展开。英二是个平凡学生，却被来自未来的外星人告知，他的遗传基因与拯救未来世界的关键女性相匹配，是“梦幻基因”持有者。为防止基因外流，外星人派少女玛莉来监视英二。玛莉性格傲娇，她的出现让英二原本平静的生活变得鸡飞狗跳。英二身边还围绕着各种女孩，有喜欢他的同学，也有因各种机缘巧合结识的女性。在这过程中，英二不断陷入各种麻烦与搞笑的事件中，同时也逐渐对玛莉产生了别样的感情。而随着故事发展，他们还要共同面对来自未来的危机和挑战，在一系列啼笑皆非又紧张刺激的经历里，英二也在慢慢成长。