《泽伽佩因》的故事设定在一个独特的世界。少年高藤和树在学校里是个平凡的学生，然而一次意外让他的生活发生了巨大转变。他被卷入了一场神秘的事件，来到了一个名为“阿特拉”的异世界。在阿特拉，和树发现自己拥有了特殊的能力，他驾驶着名为“泽伽佩因”的机体，与各种敌人展开战斗。 在这个异世界，和树结识了许多伙伴，他们一起面对重重困难和挑战。同时，和树也逐渐揭开了两个世界之间隐藏的秘密，以及自己身世背后的真相。随着故事的推进，战斗愈发激烈，和树在一次次的战斗中不断成长，他不仅要保护阿特拉的人们，还要寻找回到原来世界的方法。整个故事充满了奇幻色彩和热血战斗场面，展现了少年的成长与勇气。