《薄樱鬼碧血录》延续了前作的故事，以日本幕末为背景。雪村千鹤为寻找失踪的父亲来到京都，加入了新选组。在动荡的时代里，新选组面临着诸多挑战。土方岁三、冲田总司等新选组队员们坚守着自己的信念和职责，与各种势力展开斗争。然而，一种神秘的药物「赤备之药」让新选组陷入危机，队员们逐渐被药物影响，身体和心智都发生变化。冲田总司身患重病，却依旧为了新选组奋勇作战。千鹤在这个过程中，与队员们建立了深厚的感情，也见证了新选组从辉煌走向衰落的历程，在一次次的战斗和牺牲中，展现出了人性的光辉与无奈。