《苍穹的法芙娜EXODUS》的故事发生在一个人类与外星生物“诺德”战斗的世界。故事聚焦于御子乃鹰志等一群少年，他们生活在名为“御子乃岛”的地方，原本过着平静的生活。然而，诺德的入侵打破了这份宁静，少年们不得不驾驶名为“法芙娜”的机体与诺德作战。 在战斗过程中，少年们面临着身体和心理上的巨大压力。有人在战斗中成长，有人则陷入迷茫。鹰志在战斗中逐渐意识到这场战争背后隐藏着更深的秘密，他和伙伴们开始探寻真相。随着剧情推进，他们发现人类与诺德之间的关系并非简单的敌对，背后有着复杂的历史和阴谋。最终，少年们凭借着勇气和信念，在这场关乎人类存亡的战争中努力寻找希望与和平。